El borrador de agosto establecía dos sistemas de elección de un rector. El primero de ellos es la elección directa por sufragio universal ponderado por todos los miembros de la comunidad universitaria (en la forma en que se establezca en los Estatutos de la universidad), como ya establecía la LOU.
El segundo sistema era la elección mediante un órgano específico (que podrá determinar la universidad a través de sus Estatutos), órgano que estaría formado por entre 20 y 30 miembros de los cuales el 50% corresponderá al personal docente e investigador de la universidad, el 10% a los estudiantes, otro 10% al personal técnico, de gestión y de administración y servicios, y el 30% restante a personas externas a la universidad de reconocido prestigio. Con la nueva propuesta, se elimina esta opción.
«Se confirma el modelo actual basado en el sufragio ponderado de toda la comunidad universitaria como modo de elección del rector/a. Se elimina cualquier otra opción de elección del rector/a», recoge la nueva propuesta.
En cambio, el Ministerio sí mantiene una de las medidas más polémicas y criticadas: que no hará falta el requisito de ser funcionario en activo del Cuerpo de Catedráticos de Universidad para acceder al cargo de rector, sino simplemente ser funcionario y reunir tres requisitos, como son el tener reconocidos tres sexenios de investigación, tres quinquenios de docencia y cuatro años de experiencia de gestión universitaria en algún cargo unipersonal.