Tras finalizar la primera fase, cuatro equipos provinciales han conseguido un puesto para disputar la segunda fase por el ascenso a Tercera División. Lo han logrado el EFS Socuéllamos, como primer clasificado del Grupo 1 de la Primera Preferente, el FS Santa Cruz, como segundo, el Moral FS B, como tercero y el Tomelloso FS, como cuarto. Del otro grupo han pasado a esta fase por el ascenso el Mejorada, Toledo, Menasalbas y Águila.
La segunda fase comenzará el fin de semana del 3-4 de febrero, con una liguilla de nuevo a doble vuelta para un total de 14 jornadas. Los cuatro primeros clasificados lograrán el ascenso a Tercera División.
Por contra, los cuatro últimos de ambos grupos competirán por evitar el descenso. Entre ellos están el Villamayor, el Balneario de Benito Villanueva y el FS Renacer Argamasilla, junto al Benitense del Grupo 1. Del Grupo 2 entran el Atlético Bargas, Alameda, Horche y Mora. También en formato de liga todos contra todos, los cuatro últimos descenderán a Primera Autonómica.
